Pascasarjana Universitas Pattimura mulai diselenggarakan pada Tahun Akademik 2003/2004 dengan 1 (satu) program studi, yaitu Program Studi Magister Ilmu Kelautan, yang ijin penyelenggaraannya diterbitkan oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional pada tanggal 4 Agustus 2004 dengan 2 (dua) minat studi yaitu biologi laut dan perikanan. Pascasarjana terus berkembang dari waktu ke waktu dengan makin bertambahnya jumlah program studi, yakni hingga tahun 2022 Pascasarjana Universitas Pattimura telah memiliki total 21 (dua puluh satu) program studi, yakni sebanyak 17 (tujuh belas) Program Pendidikan Magister dan 4 (empat) Program Pendidikan Doktor. Adapun daftar program studi pada Pascasarjana Universitas Pattimura sebagai berikut:
- Program Studi Magister (S2) Ilmu Kelautan
- Program Studi Magister (S2) Sosiologi
- Program Studi Magister (S2) Ilmu Hukum
- Program Studi Magister (S2) Ilmu Ekonomi
- Program Studi Magister (S2) Pengelolaan Lahan
- Program Studi Magister (S2) Manajemen Hutan
- Program Studi Magister (S2) Manajemen Sumber Daya Kelautan dan Pulau-Pulau Kecil
- Program Studi Magister (S2) Administrasi Publik
- Program Studi Magister (S2) Manajemen
- Program Studi Magister (S2) Pendidikan Bahasa Inggris
- Program Studi Magister (S2) Pendidikan Bahasa Jerman
- Program Studi Magister (S2) Manajemen Pendidikan
- Program Studi Magister (S2) Pendidikan Biologi
- Program Studi Magister (S2) Pendidikan Matematika
- Program Studi Magister (S2) Agribisnis
- Program Studi Magister (S2) Ilmu Pertanian
- Program Studi Magister (S2) Kimia
- Program Studi Doktor (S3) Ilmu Kelautan
- Program Studi Doktor (S3) Ilmu Hukum
- Program Studi Doktor (S3) Pendidikan Biologi
- Program Studi Doktor (S3) Administrasi Pendidikan