Pascasarjana Universitas Pattimura mulai diselenggarakan pada Tahun Akademik 2003/2004 dengan 1 (satu) program studi, yaitu Program Studi Magister Ilmu Kelautan, yang ijin penyelenggaraannya diterbitkan oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional pada tanggal 4 Agustus 2004 dengan 2 (dua) minat studi yaitu biologi laut dan perikanan.

Pascasarjana terus berkembang dari waktu ke waktu dengan makin bertambahnya jumlah program studi, yakni hingga tahun 2025 Pascasarjana Universitas Pattimura telah memiliki total 24 (dua puluh empat) program studi, yakni sebanyak 18 (delapan belas) Program Magister dan 6 (enam) Program Doktor.