Pascasarjana Universitas Pattimura mulai diselenggarakan pada Tahun Akademik 2003/2004 dengan 1 (satu) program studi, yaitu Program Studi Magister Ilmu Kelautan, yang ijin penyelenggaraannya diterbitkan oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional pada tanggal 4 Agustus 2004 dengan 2 (dua) minat studi yaitu biologi laut dan perikanan.
Program Pascasarjana terus berkembang dari waktu ke waktu dengan makin bertambahnya jumlah Program Studi, yakni hingga tahun 2026 Pascasarjana Universitas Pattimura telah memiliki total 29 (dua puluh sembilan) Program Studi, yakni sebanyak 21 (dua puluh satu) Program Magister dan 8 (delapan) Program Doktor.
